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FML-bench: A Benchmark for Automatic ML Research Agents Highlighting the Importance of Exploration Breadth

FML-bench:用 8 个基础 ML 研究问题评自动研究 agent,强调探索广度
一句话把自动 ML 研究 agent 放到 8 个基础 ML 研究问题(泛化、因果、隐私等)上迭代改 baseline 代码,并用 GraphCodeBERT 嵌入方差定义 Exploration Diversity 等过程指标;结论是'广撒网'的 TheAIScientist 打赢线性深挖的 Claude Code——但相关性只在 5/8 任务为正、仅 2 个 p<0.05,且对照组有明显 confound。

这是什么

现有的 ML agent 基准(MLE-Bench、MLAgentBench、DSBench 等)多为 Kaggle 式应用任务,只看最终性能和算力成本。这篇工作认为这是'工程视角',测不出 agent 做科研的能力:科研的核心是围绕基础问题反复提假设、做实验,过程本身也应该被度量。

FML-bench 因此选了 8 个基础 ML 研究问题——generalization(ColoredMNIST+ERM)、data efficiency(Mini-ImageNet+ProtoNet)、representation learning(CIFAR-10+MoCo)、continual learning(splitMNIST+SI)、causality(IHDP+DragonNet)、robustness(投毒 MNIST+dp-instahide)、privacy(CIFAR-10 上抗 membership inference)、fairness(COMPAS+Adversarial Debiasing)。每个任务基于真实开源仓库,给 agent 提供 baseline 代码、任务描述、实验命令列表和受保护的评测文件,要求在 100 步预算内迭代改进 baseline。

注意版本演化:入库的是 2025-10 的 v1(arXiv 2510.10472),只评了 3 个 agent。仓库 main 分支已是 2026 年大改版(arXiv 2605.17373,题目改成了 'A Controlled Study of AI Research Agent Strategies from the Perspective of Search Dynamics'),扩到 18 个任务配置、7 个 agent(含作者自己的 AdaptiveSearch),v1 内容退到 legacy 分支。本笔记以 v1 论文为主、兼顾现仓库状态。

FML-bench 总览。左:8 个基础 ML 研究问题(泛化、因果、隐私、公平等)。右:任务规格七件套(任务描述、代码库、baseline 成绩、目标指标、建议修改文件、受保护文件、实验命令列表)输入 agent 后,进入'提假设→生成代码修改→更新代码库→跑实验'的迭代循环。
FML-bench 总览。左:8 个基础 ML 研究问题(泛化、因果、隐私、公平等)。右:任务规格七件套(任务描述、代码库、baseline 成绩、目标指标、建议修改文件、受保护文件、实验命令列表)输入 agent 后,进入'提假设→生成代码修改→更新代码库→跑实验'的迭代循环。

机制与做法

统一输入输出接口:让 agent 直面真实仓库

与手工整理 starter code 的基准不同,FML-bench 直接用 DomainBed、CausalML、Opacus、AIF360 这类学界公认仓库当任务底座。为了兼容各仓库五花八门的脚本名和多阶段 pipeline,它把'完整执行序列(训练+评测命令列表)'作为单一输入单元交给 agent,输出侧用后处理模块把各仓库不同格式的结果统一成标准指标。

输入包含 7 件套:任务描述、完整仓库代码、建议修改的文件、禁止修改的受保护文件(评测代码只读,防作弊)、实验命令列表、baseline 成绩、目标指标。agent 每步提一个 hypothesis,落成 code modification,跑实验拿反馈,进入下一轮。

三种被测搜索策略:TheAIScientist 并行广撒网(宽而浅)、AIDE 树搜索(中等宽深)、Claude Code 线性深挖(窄而深)。论文的核心对比就建立在这三种拓扑上——但注意 Claude Code 实际平均只跑了 7% 的步数,'深'并没有真正跑出来。
三种被测搜索策略:TheAIScientist 并行广撒网(宽而浅)、AIDE 树搜索(中等宽深)、Claude Code 线性深挖(窄而深)。论文的核心对比就建立在这三种拓扑上——但注意 Claude Code 实际平均只跑了 7% 的步数,'深'并没有真正跑出来。

过程指标:Exploration Diversity 是核心卖点

除了 Performance(全程最优测试成绩)和 Cost(token/时间),论文提出三个过程指标。Exploration Diversity:用 GraphCodeBERT 给每步的代码快照算嵌入,取所有嵌入到质心的平均 L2 距离——方差越大说明尝试的实现方案越发散。GraphCodeBERT 用数据流图而非表面 token,改个变量名不会被当成新想法。

另两个是可靠性指标:Step Success Rate(实验无错跑出有效结果的迭代占比)和 Step Completion Rate(实际执行步数/分配步数,抓提前摆烂)。新版仓库把这套扩成了 5 维 12 个过程指标(Exploration/Generalization/Reliability/Efficiency/Cost),由 compute_agent_metrics.py 一键计算。

实验设计:三种搜索策略对打

v1 选了三个策略截然不同的 agent:TheAIScientist(并行广撒网,broad & shallow)、AIDE(树搜索,medium/medium,实际用的是其商业云版本 Weco)、Claude Code(被 prompt 成线性深挖,narrow & deep,只能用 Opus-4.1)。前两者各配 GPT-5 和 Gemini-2.5-Pro,共 5 个配置,每个跑 3 轮取最优。

主结果:TheAIScientist+Gemini-2.5-Pro 在 8 任务中拿 4 个第一,AIDE+Gemini 拿 2 个;Claude Code 的 Exploration Diversity 只有 8.75(TheAIScientist 24.66、AIDE 23.50),整体成绩也最弱。论文由此得出'探索广度比深挖单一想法更有效'。

关键结果

实证核查

有水分benchmark 工程本身扎实且持续维护,main 分支的任务和脚本比论文声称的还多;但 v1 的头条结论'探索广度更优'统计证据薄、对照有 confound,作者自己在 2026 改版里也把标题里的 'Importance of Exploration Breadth' 撤掉了。
论文声称提供 8 个基于真实仓库的基础 ML 研究任务和一键式评测框架。
属实且超额兑现:gh api 验证 main 分支 configs/tasks/ 下有 18 个任务 YAML(在 8 个问题域之外还新增了 federated learning 和 unlearning),agents/ 下注册 7 个 agent,setup.py 一键装环境,compute_agent_metrics.py 输出 3 张表(含 12 个过程指标)。v1 对应代码在 legacy 分支,仓库 2026-06 仍在更新。
论文声称 'exploration diversity 与性能提升在多个任务上正相关',并以此支撑'广撒网优于深挖'的核心结论。
论文自己的相关性表(Tab. correlation_tab)显示:仅 5/8 任务相关为正,达到常规显著(p<0.05)的只有 2 个;causality(r=-0.20)、robustness(r=-0.38)、privacy(r=-0.13)为负相关。论文还自造了 'suggestive evidence (p<0.15)' 这一档来把 generalization(p=0.114)、representation learning(p=0.136)算进证据,统计口径偏宽。
三种搜索策略(broad/tree/linear)的对比说明策略广度是性能差异的原因。
对照存在明显 confound,论文实验章节自己承认:Claude Code 的 Step Completion Rate 只有 0.07±0.06(100 步只跑约 7 步就自行停止),其低 diversity 和低性能很大程度是提前终止的结果而非'深挖策略'本身;AIDE 用的是商业云版 Weco,'对内部机制控制有限'且云端故障导致 completion 仅 0.54-0.69,token 数都无法记录。且 Claude Code 只能用 Opus-4.1,LLM 与策略未解耦。样本量也小:3 个 agent、5 个配置、每任务 3 轮。
标题宣称 'Highlighting the Importance of Exploration Breadth'。
2026 年改版(arXiv 2605.17373,已确认存在,README bibtex 为 ICML 2026 格式)把标题改成了 'A Controlled Study of AI Research Agent Strategies from the Perspective of Search Dynamics'——'exploration breadth 很重要'这一强结论被作者自己降格为中性的'受控研究'。另外社区采纳度还很低:29 stars、S2 引用 1 次,GitHub 仅 1 个 issue(HuggingFace 官方例行邀请上架),没有第三方复现报告。

与我们方向的关系

对做自动研究 agent 的同学,这篇的直接价值有二:一是 Exploration Diversity 这个指标可以直接搬走——用 GraphCodeBERT 嵌入方差量化 agent 的搜索广度,成本低、与代码语义对齐,适合作为 agent 搜索策略消融的诊断量;二是它提供了一套现成的、基于真实仓库(DomainBed、Opacus、AIF360 等)的 harness,18 个任务 + 7 个已接入的 agent(含 AI Scientist v1/v2、AIDE、OpenEvolve),接自己的 agent 只需加一个 config,还有 8 任务的 Lite 子集省算力。

但引用它的结论时要小心:'广度优于深度'在 v1 里证据不足,作者在 v2 已改口为更中性的 search dynamics 受控研究。更稳妥的读法是:在无记忆、无先验的迭代改代码设定下,提前终止和单文件编辑这类工程可靠性问题对结果的影响,可能不亚于搜索策略本身——设计 agent 时先保证跑满预算(completion rate),再谈探索策略。建议后续直接跟进 v2(2605.17373)和其 AdaptiveSearch agent。

阅读笔记

读 v1 tex 时注意:正文说 8 个任务、3 个 agent,与现仓库 README(18 任务、7 agent)对不上,是因为仓库已随 v2 大改,v1 代码在 legacy 分支。跑评测的坑:Exploration 指标要求 workspace 处于 reset 后的 baseline 状态,否则 GraphCodeBERT 嵌入基准不对;AIDE 相关结果基于闭源 Weco 云服务,不可复现。

材料清单

TeX 源码
已存档:Raw/fml-bench/source/
代码仓库github.com/qrzou/FML-bench
29★ · 最近推送 2026-06-26
v2 论文(2026 改版)arxiv.org/abs/2605.17373
题目改为 'A Controlled Study of AI Research Agent Strategies from the Perspective of Search Dynamics',18 任务、7 agent,现为仓库 main 分支对应版本
legacy 分支github.com/qrzou/FML-bench/tree/legacy
v1 论文(2510.10472)对应的代码

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